La mayoría de las personas que toman PrEP no tienen efectos secundarios. Cuando estos existen, tienden a desaparecer por sí solos en unas pocas semanas. Los efectos secundarios pueden incluir problemas estomacales, dolores de cabeza o cansancio. En el estudio PROUD, los participantes informaron pocos efectos secundarios, y casi todos los que dejaron de tomarla debido a los efectos secundarios pudieron volver a tomar PrEP nuevamente.